El Foro cuenta con cuatro grupos de trabajo:

1. Convergencia comercial e integración, coordinado por Chile;
2. Facilitación del comercio, Infraestructura y logística, coordinado por Panamá
3. Promoción y protección de inversiones, coordinado por Colombia; y,
4. Cooperación económica y técnica para la competitividad, coordinado por Perú.

La Declaración de Lima del 21 de agosto de 2007 estableció un Programa de Trabajo que incluye un conjunto de acciones que, entre otras, serán abordadas por estos grupos de trabajo. Asimismo, los grupos de trabajo deberán recopilar trabajos previos que en estas materias han desarrollado diversas instituciones como ALADI, SICA, SIECA, CAN, APEC, FOCALAE, CAF, BID, la UNCTAD y la ONUDI, entre otras.

En el III Foro Ministerial de Cancún, los Ministros acordaron constituir un Grupo de Reflexión encargado de:

a) Evaluar los medios más apropiados para institucionalizar el Foro del Pacífico Latinoamericano, incluyendo su posible estructura, la periodicidad y nivel de los encuentros y la eventual creación de mecanismos de seguimiento, respetando su naturaleza flexible y su carácter de foro de diálogo político y concertación. Con tal fin, se tomarán en consideración los esquemas interregionales ya existentes.

b) Intercambiar experiencias en materia de fortalecimiento institucional para el desarrollo, en particular en lo que respecta a la identificación de prioridades en políticas públicas y fomento de la transparencia y el buen gobierno.

La coordinación de este grupo de reflexión está a cargo de México.